Zotero : les notes (Bonus)

Zotero est un outil qui n'a cessé de démontrer son utilité depuis 2005. Il s'est enrichi assez tôt d'un module de gestion d'extensions (plugins). Au fil de ce guide vous avez été amené·e à installer l'une d'entre elles : Better BibTex. Et vous avez certainement installé l'extension pour Firefox.

Une autre extension mérite votre attention : Better Notes for Zotero. Si Zotero permet déjà de rédiger des notes natives, ce module enrichit l'expérience. En s'appuyant sur l'éditeur Markdown intégré (qui peut déjà s'ouvrir sous forme d'onglet ou de fenêtre séparée), il offre un espace de travail dédié pour approfondir vos notes de lecture sans quitter le logiciel.

Les fonctionnalités supplémentaires qu'apporte cette application sont peu nombreuses mais tout de même efficaces :

• Interconnexion : il permet de lier facilement vos notes entre elles ou de les rattacher à vos références.
• Organisation : l'ajout de tags et l'insertion directe de citations bibliographiques depuis votre bibliothèque simplifient la rédaction.
• Visualisation : l'extension propose une vue en « mindmapping » et un graphe relationnel pour mieux structurer vos notes.

Quelques points faibles subsistent à l'heure où j'écris ces lignes (janvier 2026). L'export reste très sommaire et ne supporte pas encore la mise en forme CSL (styles de citation). Enfin, l'ergonomie visuelle est perfectible : l'absence d'options pour personnaliser l'affichage (comme l'agrandissement de la police) peut s'avérer gênante pour le confort de lecture.

Autrement dit, ce n'est pas vraiment un module destiné à travailler l'écriture. Il est destiné à la prise de notes de lecture et permet de tisser des liens. Vos notes ne seront pas exploitables comme des notes d'écriture, et il peut être effectivement utile de travailler alternativement de cette manière entre Zotero et, par exemple, Zettlr ou tout autre environnement Markdown.

Alors pourquoi vous en parler ? Il y a une fonctionnalité que je n'ai pas mentionnée : la possibilité de synchroniser vos notes dans un dossier. Cette fonctionnalité vous permet, par exemple, d'intégrer vos notes Zotero dans l'environnement de travail que vous avez bâti.

Le mieux est encore de vous expliquer avec un scénario.

Imaginons que vous êtes sur Zotero. Vous avez entré la référence d'un article passionnant et vous lisez le PDF de cet article. Vous prenez des notes sur cette référence à l'aide de l'extension Better Notes. Cette note sera enregistrée dans votre base Zotero sans que vous fassiez quoi que ce soit.

Le hic, dans ce cas, c'est que votre note « reste » seulement dans Zotero. Or, vous écrivez avec Zettlr (ou un autre logiciel). Dans votre hiérarchie de dossiers où vous travaillez habituellement, il vous faudrait exporter à chaque fois vos notes « Zotero » et vous risquez alors de vous retrouver avec à chaque fois deux versions des mêmes notes.

Mon conseil est le suivant : dans votre environnement de travail, créez un dossier mes-notes-de-lecture/ et lorsque vous écrivez une note dans Zotero, exportez-la en Markdown dans ce dossier (en fait, vous exportez une copie).

Un fois cela fait, c'est là que Better Notes intervient. Dans Outils > Sync Manager vous pouvez sélectionner ce dossier et synchroniser avec. Dès lors, lorsque vous travaillez avec vos outils habituels, vous pouvez modifier vos notes de lectures situées dans ce dossier. Lorsque vous revenez sur Zotero, vous lancez cet outil de synchronisation et vous revoilà avec vos notes modifiées.

Faut-il penser à relancer à chaque fois l'outil de synchronisation ? Pas vraiment. Dans Zotero, allez dans Édition > Paramètres > Better Notes. Dans la section Sync vous pouvez régler le laps de temps entre chaque synchronisation, mais surtout, vous pouvez renseigner le chemin du dossier où vous allez stocker une copie synchronisée de vos notes. Par défaut il est réglé sur attachments. Renseignez donc le chemin, par exemple /home/Dupont/Documents/MesdossiersZettlr/mes-notes-de-lecture. Et voilà.

Désormais, lorsque vous écrivez une note depuis Zotero, et que vous changez de logiciel pour écrire, non seulement vous retrouverez une copie de vos notes de lecture dans votre dossier, mais en plus de cela, si vous les modifiez, ces modifications pourront être reportées dans Zotero… et inversement (n'oubliez pas le timing dans les Paramètres, et n'oubliez pas non plus que quoi qu'il en soit, vos notes « Zotero » restent dans votre compte Zotero aussi).