Zettlr, Pandoc, Zotero

Nous allons mentionner ici trois logiciels qui, fonctionnant ensemble permettent de couvrir l'essentiel d'un flux de production. La production d'un PDF final sera toutefois réservée à un chapitre ultérieur.

Zettlr couvre tous les besoins d'un flux de travail, des notes à la sortie d'un document final (livre, article, cours structuré). Ce logiciel a été conçu par et pour des universitaires afin de gérer des projets longs et complexes. Il fonctionne de pair avec Pandoc pour la conversion.

Dès la première ouverture de Zettlr, un tutoriel en français sera livré dans votre dossier \Documents. Il vous permet de comprendre par l'exemple concret comment vous servir du logiciel. Cela dit, une documentation très complète est disponible sur le site officiel.

Pour installer Zettlr sur Linux Mint, ouvrez votre Logithèque (vous pouvez aussi télécharger le .deb depuis la page de téléchargement, version 64bits la plupart du temps, mais il est préférable d'utiliser votre logithèque).

La méthode Zettelkasten¶

Zettlr tire son nom de la méthode Zettelkasten (littéralement « boîte à fiches »). Cette méthode consiste à rédiger des notes courtes et atomiques, liées entre elles par des identifiants uniques, pour créer un réseau de pensée plutôt qu'une simple liste linéaire.

Organiser son espace de travail¶

Contrairement à Word, on ne travaille pas sur un fichier isolé dans Zettlr, mais sur un répertoire (un espace de travail).

• Créer un projet : allez dans Fichier > Ouvrir un dossier. Sélectionnez le dossier qui contient toutes vos recherches.
• Navigation : la colonne de gauche affiche tous vos fichiers .md. Vous pouvez les glisser-déposer pour les réorganiser.
• Mode projet : en faisant un clic droit sur un dossier dans Zettlr, vous pouvez le marquer comme « Projet », ce qui facilitera l'exportation de tous les chapitres en un seul bloc plus tard.

L'éditeur¶

Zettlr est d'abord un éditeur Markdown puissant. Il vous propose une aide à la saisie (texte, listes, notes de bas de page, mise en forme, tableaux, etc.) même si vous allez passer l'essentiel de votre temps à entrer du texte « au kilomètre ».

Un point important est d'avoir de l'ordre dans vos dossiers et fichiers. N'hésitez pas à entrer des #tags qui permettront de réaliser des recherches croisées, et créez aussi des liens entre vos fichiers. La fonction de recherche est puissante.

De même le panneau latéral droit est très utile : il permet d'afficher le sommaire de votre texte, mais aussi la bibliographie (une fois que vous aurez configuré les éléments ci-dessous), de même que les fichiers connexes (ce qui ont les mêmes mots-clé) et les fichiers joints (illustrations, autres documents, etc.).

Vous pouvez créer des liens entre vos documents (comme un wiki), réaliser des diagrammes, écrire des mathématiques, etc. Reportez vous au manuel, faites un tour dans les Préférences (c'est très instructif) et prenez le temps de vous familiariser avec les fonctionnalités.

Zotero : la bibliographie¶

Zotero est indispensable, bien que vous puissiez utiliser n'importe quel logiciel de gestion bibliographique pour produire un fichier .bib. L'objectif, cependant, est de vous aider à saisir les éléments bibliographiques tout en écrivant dans Zettlr.

Quasiment toutes les université proposent des formations à Zotero. Si vous n'avez pas le temps, on trouve souvent des tutoriels Zotero en ligne, y compris en vidéo. Cela vaut la peine de s'y attarder un peu même si l'interface de Zotero est assez facile à comprendre. L'extension de Zotero à installer dans votre navigateur est très utile : grâce à elle, vous pourrez stocker des références bibliographiques en un clic (sur les sites des revues, sur le catalogue Sudoc, etc.).

Pour que Zettlr et Zotero communiquent bien ensemble, il faut ajouter un petit « moteur » supplémentaire à Zotero : l'extension Better BibTeX. Cette extension permet de générer des clés de citation propres (ex: foucault1975) qui seront reconnues par Zettlr et Pandoc lors de la conversion.

Pour cela, téléchargez le plugin, rendez-vous dans Zotero, dans Outils > Extension cliquez sur le petit engrenage en haut à droite et installez depuis le fichier (téléchargé précédemment).

Créer le pont entre Zotero et Zettlr¶

Pour que vos nouvelles références apparaissent dans Zettlr sans action manuelle, et pour configurer un style de bibliographie, suivez ces étapes.

Étape 1 : exporter sa bibliothèque en continu¶

1. Dans Zotero, faites un clic droit sur votre collection (ou votre bibliothèque).
2. Choisissez Exporter la collection.
3. Sélectionnez le format Better CSL JSON (ou BibTex).
4. Cochez impérativement la case Garder à jour (keep updated).
5. Enregistrez ce fichier dans votre dossier de travail, par exemple sous le nom ma_biblio.json (si vous avez choisi en JSON)

Étape 2 : configurer la bibliographie dans Zettlr¶

1. Dans Zettlr, allez dans Fichiers > Préférences > Citations.
2. Dans le champ Base de donées de citation allez chercher votre fichier ma_biblio.json.
3. Désormais, dans votre texte, il vous suffira de taper le signe @ pour qu'une liste déroulante de vos références apparaisse.

Étape 3 : configurer le style (CSL) dans Zettlr¶

Pour que la bibliographie finale soit aux normes (ISO, APA, etc.) :

1. Téléchargez le style souhaité sur le Zotero Style Repository (par exemple le style français ISO 690 iso690-note-fr.csl).
2. Dans les paramètres de Zettlr Fichiers > Préférences > Citations, renseignez le chemin vers ce fichier .csl dans le champ Style CSL.

Exporter en ODT¶

Zettlr utilise Pandoc pour transformer votre texte. Il faut donc l'avoir installé auparavant.

Pour exporter un fichier ODT (LibreOffice) contenant vos références exposées selon le style choisi, cliquez sur l'icône d'export en haut à droite et choisissez OpenDocument text (odt). Vous avez aussi trois options : exporter dans un dossier temporaire, dans le dossier actuel (votre espace de travail) ou dans un dossier que vous choisissez.

Pandoc va lire vos @citations, consulter votre fichier .json, appliquer les règles de votre fichier .csl et générer le document final avec la bibliographie intégrée à la fin.